Vue d'ensemble

Snakemake 8.0, publié le 20 septembre 2023, introduit un système de plugins et une architecture modulaire.

Fonctionnalités principales

Système de plugins

Les exécuteurs, le stockage et les rapports sont désormais des plugins installables séparément.

python 
# Installation de plugins
# pip install snakemake-executor-plugin-slurm
# pip install snakemake-storage-plugin-s3

# Snakefile
rule all:
    input: 'results/output.txt'

rule process:
    input: 'data/input.txt'
    output: 'results/output.txt'
    shell: 'cat {input} | sort > {output}'

Architecture modulaire

Le code de Snakemake est découpé en modules indépendants, facilitant la maintenance et les contributions tierces.

python 
# Lancer avec un exécuteur spécifique
# snakemake --executor slurm --jobs 100

# Utiliser un stockage distant
# snakemake --default-storage-provider s3
#           --default-storage-prefix s3://bucket/

# Lister les plugins installés
# snakemake --list-plugins

Sources